・ ２点が同一点かどうか判定

２点が同一の点であれば、その距離は 0 となります。
図面上では、ある程度の誤差を許容しなくてはならないので、(equal) の fuzz オプションを適当に設定しましょう。

(defun Jo_same_pt ()
  ;サブルーチン  ２点が同一点かどうか判定    同一なら T  ;
  (defun Jof_same_pt (
		      pt1;調査点1;
		      pt2;調査点2;
		      / fuz dist )
    (setq fuz 1e-6)
    (setq dist (distance pt1 pt2))
    (equal dist 0 fuz)
    )

  ;**********************************************************
  ;メインルーチン ;
  (setq pt1 (getpoint "\n１点目"))
  (setq pt2 (getpoint "\n２点目"))
  (if (Jof_same_pt pt1 pt2)
    (princ "\n同一点です")
    (princ "\n同一ではありません")
    )
  (princ)
  )

まあ、距離を取得しなくても直接点どうしの比較でもいいですけど

(defun Jo_same_pt2 () 
  ;サブルーチン  ２点が同一点かどうか判定    同一なら T  ; 
  (defun Jof_same_pt2 ( 
		      pt1;調査点1; 
		      pt2;調査点2; 
		      / ) 
    (setq fuz 1e-6) 
    (equal pt1 pt2 fuz) 
    ) 

  ;********************************************************** 
  (setq pt1 (getpoint "\n１点目")) 
  (setq pt2 (getpoint "\n２点目")) 
  (if (Jof_same_pt2 pt1 pt2) 
    (princ "\n同一点です") 
    (princ "\n同一ではありません") 
    ) 
  (princ) 
  )